ΜΕΡΟΣ ΤΡΙΤΟ : Winds of Change (WoC)
Μετά την εξόντωση του Shiro Tagachi, το Ministry of Purity μεθοδεύει τις προσπάθειες για την οριστική εξάλειψη της απειλής των Afflicted από την ήπειρο της Cantha. Οι πολίτες της είναι διχασμένοι ανάμεσα σε αυτούς που υποστηρίζουν το Υπουργείο και την ανερχόμενη Minister Reiko και σε αυτούς που πιστεύουν ότι ο Αυτοκράτορας και η Φρουρά του έχουν αποτύχει – και ότι απαιτούνται διαφορετικοί τρόποι δράσης. Το σίγουρο πάντως είναι ότι η Cantha έχει αρχίσει να αλλάζει: το Echovald Forest ζωντανεύει ξανά ενώ κάποιοι λένε ότι έγιναν μάρτυρες εμφάνισης μικρών περιοχών με νερό στην μαρμαρωμένη Jade Sea.
Οι πρώτες δώδεκα αποστολές (quest) είναι ουσιαστικά εκστρατείες εκκαθάρισης διαφόρων περιοχών της Cantha από τους Afflicted. Οι εντολές μας προέρχονται από το ίδιο το Ministry of Purity, δια στόματος του Initiate Zei Ri. Η επόμενη απειλή που πρέπει να αντιμετωπιστεί για την επίτευξη ειρήνης είναι οι συμμορίες των Am-Fah και των αντιπάλων τους, των μελών της Jade Brotherhood, μέσα από πέντε ακόμη quest.
Η ιστορία παίρνει εντελώς άλλη τροπή στη συνέχεια, στέλνοντάς μας πέρα-δώθε να αντιμετωπίζουμε διάφορους εχθρούς της χώρας – συμπεριλαμβανομένου και του ίδιου του Υπουργείου: επτά quest στα οποία υπερασπιζόμαστε κάποιες αδύναμες ομάδες του πληθυσμού, τέσσερα quest όπου υπερασπιζόμαστε τη φυλή των Angchu Tengu, για να φτάσουμε στις τελευταίες έξι αποστολές όπου αμυνόμαστε απέναντι σε επιθέσεις σε διάφορα μέρη της Cantha – με οδηγό και σύμμαχό μας την Miku που συναντήσαμε στο Hearts of the North. Ο επίλογος γράφεται με τη μονομαχία μεταξύ Miku και Reiko με εμάς να παίρνουμε, τελικά, το μέρος εκείνης που θέλει πραγματικά το καλό της Cantha.